Makam-ı Danyal Camii, kent merkezinde, Kubat Paşa Medresesi’nin yanında bulunmaktadır. 1857 yılında Danyal Peygamber’e ait sembolik türbenin üzerine yapılan cami, türbenin kutsallığından dolayı Makam Camii olarak adlandırılmıştır.  1960’lı yıllarda camiye ilave olarak son cemaat bölümü de yapılmıştır.

Danyal Peygamber, M.Ö. 605 yılında Kudüs’de doğmuştur. Rivayete göre; Babil Kralı II. Nabukadnaser (M.Ö.605-562) rüyasında İsrailoğullarından gelecek bir erkek çocuğun kendi tahtını sarsacağını öğrenince, İsrailoğullarından doğan tüm erkek çocukların öldürülmesini emretmesiyle, ailesi onu dağ başında bir mağaraya bırakır ve burada biri erkek, diğeri dişi iki aslan tarafından büyütülür. Gençlik çağına gelince de tekrar kavmi arasına karışır ve Yahudileri Babil esaretinden ilmi ve kehaneti ile kurtarır. Bereket dağıtan bir peygamber olarak anılır.

            Başkenti Tarsus olan Kilikia Kralı Syenessis, bir kıtlık döneminde, Danyal Peygamberi Tarsus’a davet eder, gelişiyle bolluk ve bereket gelir. Bunu gören halk Hz. Danyal’ın geri gitmesine izin vermez ve ölünceye kadar Tarsus’ta yaşar.

            Hz. Ömer döneminde, İslam kuvvetleri komutanı Ebul Musa Eş-arı tarafından Tarsus fethedilir. Şehrin imarı sırasında bir sandukaya rastlanır ve sandukada cenazenin parmağında iki aslan arasında bulunan bir çocuk tasvirli yüzük bulunur. Yüzük, Hz. Ömer’e gönderilir ve üzerindeki iki aslan arasında bulunan çocuk tasvirinden, yüzüğün Danyal Peygamber’e ait olduğu kanaatine varılır. Zira bu yüzük üzerindeki tasvir, Peygamberin başından geçen olayın bir sembolü olarak betimlenmiştir. Hz. Ömer cenazenin çalınmamasını emreder. Komutan Ebul Musa’da mezarın çalınmaması için bulunduğu yerin daha derinine gömer ve yakınından geçen Berdan (Kydnos) Çayının yönünü değiştirerek mezarın üzerinden akmasını sağlamıştır.

Tarsus Belediyesi tarafından camide, abdesthane yapmak için başlatılan hafriyat çalışmalarında kemerli bir yapının ortaya çıkması ile 2006-2007 yılları arasında Tarsus Müzesi tarafından Kurtarma Kazısı yapılmıştır.

 Kazı çalışmaları sonucunda, Roma Dönemine tarihlenen bir köprü, köprünün kuzeyinde 7. yüzyıla tarihlenen, dörtgen planlı, güneyde ve doğuda 2’şer pencere açıklığı bulunan ve  manastır tonozlu kubbesi 13. yüzyıl’a tarihlenen bir türbe yapısı ile son cemaat bölümünde tonozlu mezarlar ortaya çıkarılmıştır. Türbenin doğu cephesinde bulunan blok taşın yüzeyinde yedi köşeli yıldız kabartması vardır.

Yahudiler, Hristiyanlar ve Müslümanlar’ın saygı gösterdiği Danyal Peygamber’in yaşamıyla ilgili az sayıda yazılı kaynağın aksine, sözlü anlatım fazladır. Asırlardır süregelen bu sözlü anlatımlardan yola çıkılarak Danyal Peygamber’in Tarsus’ta gömüldüğü halk tarafından kabul edilir. Makam-ı Danyal Camisinde restorasyon çalışmaları tamamlanmış olup restorasyon ziyarete açıktır.